<div>i got useless information from <a href="http://stackoverflow.com/search?q=RSYMPHONY" style="line-height: 1.5;">http://stackoverflow.com/search?q=RSYMPHONY</a> , except for <a href="http://stackoverflow.com/a/34676867" style="line-height: 1.5;">http://stackoverflow.com/a/34676867</a> , however, after installed the package of <a href="http://bioconductor.org/packages/devel/bioc/src/contrib/lpsymphony_0.99.6.tar.gz">lpsymphony</a> using 'R CMD INSTALL lpsymphony_0.99.6.tar.gz',which has no exception during the process of installation.</div><div><div><span style="line-height: 1.5;">then, installed 'fPortfolio' through two methods , one is using '</span><span style="line-height: 1.5;">R CMD INSTALL</span><span style="line-height: 1.5;"> fPortfolio_3011.81.tar.gz</span><span style="line-height: 1.5;">', the other is '> install.packages('</span><span style="line-height: 1.5;">fPortfolio</span><span style="line-height: 1.5;">')' online, they stills throw the same error as below.</span></div><div><div style="line-height: 21px;"><font size="1" face="宋体" color="#0000ff">Error: dependency 'Rsymphony' is not available for package 'fPortfolio'</font></div><div style="line-height: 21px;"><font size="1" face="宋体" color="#0000ff"><span style="line-height: normal; white-space: pre-wrap;">* removing '/usr/lib64/R/library/</span>fPortfolio</font><span style="line-height: normal; white-space: pre-wrap;"><font size="1" face="宋体" color="#0000ff">'</font></span></div></div><div style="line-height: 21px;"><span style="line-height: normal; white-space: pre-wrap;"><font size="1" face="宋体" color="#0000ff"><br></font></span></div><span style="font-size: small;"><span style="line-height: normal; white-space: pre-wrap;">At precent,  my question is that why did the installation failed via online ? whether or not it indicates the package of  <a href="https://cran.r-project.org/src/contrib/Rsymphony_0.1-21.tar.gz">Rsymphony</a></span><span style="line-height: 1.5; white-space: pre-wrap;"> could not fit for RadHat ? if so,do you have any schedule to fix the package of Rsymphony suit to ReaHat ? </span></span></div><div><span style="font-size: small; line-height: 19.5px; white-space: pre-wrap;">Thanks a lot. :)<br></span><div><br></div><div style="font-size: 12px;font-family: Arial Narrow;padding:2px 0 2px 0;">------------------ 原始邮件 ------------------</div><div style="font-size: 12px;background:#efefef;padding:8px;"><div><b>发件人:</b> "ted";<ted@lehigh.edu>;</div><div><b>发送时间:</b> 2016年3月5日(星期六) 上午9:26</div><div><b>收件人:</b> "♫"<nothingstop@foxmail.com>; "symphony"<symphony@list.coin-or.org>; <wbr></div><div></div><div><b>主题:</b> Re: [SPAM] Cannot find SYMPHONY library and headers</div></div><div><br></div><div dir="ltr"><div>Your questions still seem to be more fit for a discussion board with R experts. I didn't realize it before, but there are quite a few questions and answers about installing RSymphony in different environments on StackOverflow and I think you will find an answer there.  </div><div><br></div><div><a href="http://stackoverflow.com/search?q=RSYMPHONY">http://stackoverflow.com/search?q=RSYMPHONY</a><br></div><div><br></div><div>One tip I picked up is that might think of installing the package lpsyphony, which is similar to RSymphony except that it comes with SYMPHONY pre-installed and is available on RedHat:</div><div><br></div><div><a href="http://stackoverflow.com/a/34676867">http://stackoverflow.com/a/34676867</a><br></div><div><br></div><div>Hope it helps!</div><div><br></div><div>Cheers,</div><div><br></div><div>Ted</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Thu, Mar 3, 2016 at 4:00 AM, ♫ <span dir="ltr"><<a href="mailto:nothingstop@foxmail.com" target="_blank">nothingstop@foxmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div>Hi Ted</div><div>Thanks your feedback.</div><div><span style="line-height:1.5">i have already installed by two rpm packages, </span><a href="http://rpmfind.net/linux/RPM/fedora/devel/rawhide/x86_64/c/coin-or-SYMPHONY-5.6.8-5.fc24.x86_64.html" style="line-height:1.5" target="_blank">coin-or-SYMPHONY-5.6.8-4.fc23.x86_64.rpm</a><span style="line-height:1.5">  and </span><a href="http://rpm.pbone.net/index.php3/stat/4/idpl/20429087/dir/mandrake_other/com/R-Rsymphony-0.1_14-1-mdv2012.0.i586.rpm.html" style="line-height:1.5" target="_blank">R-Rsymphony-0.1_14-1-mdv2012.0.i586.rpm</a><span style="line-height:1.5"> , however they all failed.</span></div><div><div><br></div><div><div><font color="#666699" size="1">[root@server3 data1]# rpm -ivh R-Rsymphony-0.1_14-1-mdv2012.0.i586.rpm</font></div><div><font color="#666699" size="1">warning: R-Rsymphony-0.1_14-1-mdv2012.0.i586.rpm: Header V3 DSA/SHA1 Signature, key ID 26752624: NOKEY</font></div><div><font color="#666699" size="1">error: Failed dependencies:</font></div><div><font color="#666699" size="1">        libCgl.so.0 is needed by R-Rsymphony-0.1_14-1.i586</font></div><div><font color="#666699" size="1">        libClp.so.0 is needed by R-Rsymphony-0.1_14-1.i586</font></div><div><font color="#666699" size="1">        libCoinUtils.so.0 is needed by R-Rsymphony-0.1_14-1.i586</font></div><div><font color="#666699" size="1">        libOsi.so.0 is needed by R-Rsymphony-0.1_14-1.i586</font></div><div><font color="#666699" size="1">        libOsiClp.so.0 is needed by R-Rsymphony-0.1_14-1.i586</font></div><div><font color="#666699" size="1">        libSym.so.0 is needed by R-Rsymphony-0.1_14-1.i586</font></div></div><div><font color="#666699" size="1"><br></font></div><div><div><font color="#666699" size="1">[root@server3 data1]# rpm -ivh coin-or-SYMPHONY-5.6.8-4.fc23.x86_64.rpm</font></div><div><font color="#666699" size="1">warning: coin-or-SYMPHONY-5.6.8-4.fc23.x86_64.rpm: Header V3 RSA/SHA256 Signature, key ID 34ec9cba: NOKEY</font></div><div><font color="#666699" size="1">error: Failed dependencies:</font></div><div><font color="#666699" size="1">        libCgl.so.1()(64bit) is needed by coin-or-SYMPHONY-5.6.8-4.fc23.x86_64</font></div><div><font color="#666699" size="1">        libClp.so.1()(64bit) is needed by coin-or-SYMPHONY-5.6.8-4.fc23.x86_64</font></div><div><font color="#666699" size="1">        libClpSolver.so.1()(64bit) is needed by coin-or-SYMPHONY-5.6.8-4.fc23.x86_64</font></div><div><font color="#666699" size="1">        libCoinUtils.so.3()(64bit) is needed by coin-or-SYMPHONY-5.6.8-4.fc23.x86_64</font></div><div><font color="#666699" size="1">        libOsi.so.1()(64bit) is needed by coin-or-SYMPHONY-5.6.8-4.fc23.x86_64</font></div><div><font color="#666699" size="1">        libOsiClp.so.1()(64bit) is needed by coin-or-SYMPHONY-5.6.8-4.fc23.x86_64</font></div><div><font color="#666699" size="1">        libc.so.6(GLIBC_2.14)(64bit) is needed by coin-or-SYMPHONY-5.6.8-4.fc23.x86_64</font></div><div><font color="#666699" size="1">        libgomp.so.1(GOMP_4.0)(64bit) is needed by coin-or-SYMPHONY-5.6.8-4.fc23.x86_64</font></div><div><font color="#666699" size="1">        libstdc++.so.6(GLIBCXX_3.4.21)(64bit) is needed by coin-or-SYMPHONY-5.6.8-4.fc23.x86_64</font></div></div><div><font color="#666699" size="1"><br></font></div><div><span style="line-height:15px"><font size="2">when install forced using 'rpm -ivh R-Rsymphony-0.1_14-1-mdv2012.0.i586.rpm --force --nodeps', Rsmphony install successfully.N</font></span><span style="font-size:small;line-height:15px">ervertheless, </span><span style="font-size:small;line-height:normal;white-space:pre-wrap"> </span></div><div><font color="#0000ff"><b><span style="line-height:normal;white-space:pre-wrap;font-size:small">①install </span><span style="font-size:small;line-height:19.5px">fPortfolio </span></b><span style="font-size:small;line-height:normal;white-space:pre-wrap"> </span></font></div><div><font face="宋体" color="#0000ff"><span style="line-height:1.5;font-size:small">'</span><span style="line-height:1.5;font-size:small">R CMD INSTALL</span><span style="line-height:1.5;font-size:small"> fPortfolio_3011.81.tar.gz' throw the same exception as the original.</span></font></div><span class=""><div style="line-height:21px"><font size="1" face="宋体" color="#0000ff">Error: dependency 'Rsymphony' is not available for package 'fPortfolio'</font></div><div style="line-height:21px"><font size="1" face="宋体" color="#0000ff"><span style="line-height:normal;white-space:pre-wrap">* removing '/usr/lib64/R/library/</span>fPortfolio</font><span style="line-height:normal;white-space:pre-wrap"><font size="1" face="宋体" color="#0000ff">'</font></span></div><div><span style="color:rgb(102,102,153);font-size:x-small;line-height:15px"><br></span></div><div><span style="color:rgb(102,102,153);font-size:x-small;line-height:15px"><br></span></div></span><div><div style="line-height:21px"><span style="line-height:1.5">my R package installed using 'yum install R-core Rdevel',</span><span style="line-height:1.5">those programes distributed to some system directory as below.</span></div><div style="line-height:21px"><div><font color="#000080">[root@server3 SYMPHONY-5.6.14]# whereis R</font></div><div><font color="#000080">R: /usr/bin/R /usr/lib/R /usr/lib64/R /usr/include/R /usr/share/R /usr/share/man/man1/R.1.gz</font></div></div></div><div><span style="color:rgb(102,102,153);font-size:x-small;line-height:15px"><br></span></div><div><font color="#666699" size="1"><span style="line-height:15px">i install SYMPHONY in /opt/</span></font><span style="color:rgb(0,0,128);line-height:1.5">SYMPHONY-5.6.14</span><font color="#666699" size="1"> of </font><span style="line-height:15px;color:rgb(102,102,153);font-size:x-small">system directory , </span><span style="line-height:15px;color:rgb(102,102,153);font-size:x-small">all the process i did as root user.</span></div><div><span style="line-height:15px;color:rgb(102,102,153);font-size:x-small">at this time, adding prefix when configure by '</span><font color="#666699" size="1"><span style="line-height:15px">./configure --prefix=/opt/</span></font><span style="color:rgb(0,0,128);line-height:1.5">SYMPHONY-5.6.14</span><span style="line-height:15px;color:rgb(102,102,153);font-size:x-small">'</span></div><div><font color="#666699" size="1"><span style="line-height:15px">and make && make install. then failed as </span></font><span style="line-height:normal;white-space:pre-wrap;font-size:small"><b><font color="#0000ff">①install </font></b></span><span style="font-size:small;line-height:19.5px"><b><font color="#0000ff">fPortfolio </font></b></span></div><div><br></div><div>i have try to copy the directory of '<font color="#666699" size="1">/opt/</font><span style="line-height:1.5;color:rgb(0,0,128)">SYMPHONY-5.6.14' after make && make install to '/usr/lib64/R/library/'</span></div><div><span style="line-height:1.5;color:rgb(0,0,128)">and rename the directory to Rsymphony, and failded yet as </span><span style="line-height:normal;white-space:pre-wrap;font-size:small"><b><font color="#0000ff">①install </font></b></span><span style="font-size:small;line-height:19.5px"><b><font color="#0000ff">fPortfolio</font></b></span></div><div><font color="#666699" size="1"><span style="line-height:15px"><br></span></font></div><div>how to tell R where the Rsymphony install ? how to tell Rsymphony where R install ? how to associate R and Rsymphony ?  many thanks. :)<span style=""></span></div><div><font color="#666699" size="1"><span style="line-height:15px"><br></span></font></div><div><font color="#666699" size="1"><span style="line-height:15px"><br></span></font></div><div style="font-size:12px;font-family:Arial Narrow;padding:2px 0 2px 0">------------------ 原始邮件 ------------------</div><div style="font-size:12px;background:#efefef;padding:8px"><div><b>发件人:</b> "Ted Ralphs";<<a href="mailto:tkralphs@lehigh.edu" target="_blank">tkralphs@lehigh.edu</a>>;</div><div><b>发送时间:</b> 2016年3月3日(星期四) 凌晨1:56</div><div><b>收件人:</b> "♫"<<a href="mailto:nothingstop@foxmail.com" target="_blank">nothingstop@foxmail.com</a>>; </div><div><b>抄送:</b> "symphony"<<a href="mailto:symphony@list.coin-or.org" target="_blank">symphony@list.coin-or.org</a>>; </div><div><b>主题:</b> Re: [SPAM] Cannot find SYMPHONY library and headers</div></div><div><div class="h5"><div><br></div><div dir="ltr">I'm not sure how the installation process is supposed to go for an R package. I would assume that either SYMPHONY needs to be installed somewhere that it can be found by R (probably in a system directory) or else you need to tell R where SYMPHONY is installed. If you want to install SYMPHONY in a system directory, do something like<div><br></div><div>./configure --prefix=/usr</div><div><br></div><div>You will then need to install as root so be careful! Alternatively, there is a SYMPHONY Fedora package. I'm not sure if it would be available on RedHat, but maybe. That would be the easiest. </div><div><br></div><div>In general, i would think this is a question for the R mailing list, since SYMPHONY is building fine.</div><div><br></div><div>Ted</div><div><br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Mon, Feb 29, 2016 at 5:51 AM, ♫ <span dir="ltr"><<a href="mailto:nothingstop@foxmail.com" target="_blank">nothingstop@foxmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div>Dear sir or madam</div><div>Thanks for your attention for my email.</div><div>what my purpose is install packages of 'fPortfolio' using '<span style="line-height:1.5">R CMD INSTALL</span><span style="line-height:1.5"> fPortfolio_3011.81.tar.gz</span><span style="line-height:1.5">'(</span><a href="https://cran.r-project.org/src/contrib/fPortfolio_3011.81.tar.gz" target="_blank"><font size="1">https://cran.r-project.org/src/contrib/fPortfolio_3011.81.tar.gz</font></a><span style="line-height:1.5">) , which dependence </span><span style="line-height:1.5">Rsymphony, so install </span><span style="line-height:1.5">Rsymphony firstly.</span></div><div>i encounter an exception when i install the packages of 'Rsymphony' using 'R CMD INSTALL Rsymphony_0.1-21.tar.gz'.(<font size="1"><a href="https://cran.r-project.org/src/contrib/Rsymphony_0.1-21.tar.gz" target="_blank">https://cran.r-project.org/src/contrib/Rsymphony_0.1-21.tar.gz</a></font>)</div><div>the detail information as below:</div><div><font color="#808080"><span>></span><span style="line-height:normal;white-space:pre-wrap">i</span><span style="line-height:normal;white-space:pre-wrap">nstall.packages</span><span style="line-height:normal;white-space:pre-wrap">(</span><span style="line-height:normal;white-space:pre-wrap">"Rsymphony")</span></font></div><div><span style="line-height:normal;white-space:pre-wrap"><font color="#808080">* installing *source* package ‘Rsymphony’ ...
** package ‘Rsymphony’ successfully unpacked and MD5 sums checked
Cannot find SYMPHONY libraries and headers.
See <<a href="https://projects.coin-or.org/SYMPHONY" target="_blank">https://projects.coin-or.org/SYMPHONY</a>>.
ERROR: configuration failed for package ‘Rsymphony’</font></span></div><div><font color="#808080"><span style="line-height:normal;white-space:pre-wrap">* removing '/usr/lib64/R/library/</span><span style="line-height:normal;white-space:pre-wrap">Rsymphony</span><span style="line-height:normal;white-space:pre-wrap">'</span></font></div><div><span style="line-height:normal;white-space:pre-wrap"><br></span></div><div><span style="line-height:normal;white-space:pre-wrap">and then , i download </span><span style="line-height:normal;white-space:pre-wrap">SYMPHONY-5.6.14.tgz from <a href="http://www.coin-or.org/download/source/SYMPHONY/SYMPHONY-5.6.14.tgz" target="_blank">here</a>.</span></div><div><span style="line-height:normal;white-space:pre-wrap">cd SYMPHONY-5.6.14
./configure
make
make install</span></div><div><span style="line-height:normal;white-space:pre-wrap">during the building period, there is no exception, but when i install fPortfolio again using  </span><span style="line-height:1.5">'</span><span style="line-height:1.5">R CMD INSTALL</span><span style="line-height:1.5"> fPortfolio_3011.81.tar.gz' </span></div><div><font color="#808080">Error: dependency 'Rsymphony' is not available for package 'fPortfolio'</font></div><div><font color="#808080"><span style="line-height:normal;white-space:pre-wrap">* removing '/usr/lib64/R/library/</span>fPortfolio</font><span style="line-height:normal;white-space:pre-wrap"><font color="#808080">'</font></span></div><div><br></div><div><span style="white-space:pre-wrap">my server info as below:</span></div><div><span style="white-space:pre-wrap">Description: Red Hat release 6.5</span></div><div><span style="white-space:pre-wrap">Linux version:2.6.32-431.29.2.el6.x86_64</span></div><div><span style="white-space:pre-wrap">R version 3.1.2.</span></div><div><span style="white-space:pre-wrap"><br></span></div><div><span style="white-space:pre-wrap">Could you give me an hand? i appreciate your help ~  </span></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div>Nemo</div></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div><div dir="ltr"><div><span style="font-size:12.8000001907349px">Dr. Ted Ralphs</span><br style="font-size:12.8000001907349px"><span style="font-size:12.8000001907349px">Professor, Lehigh University</span><br style="font-size:12.8000001907349px"><span style="font-size:12.8000001907349px"><a value="+16106281280" target="_blank">(610) 628-1280</a></span><br style="font-size:12.8000001907349px"><span style="font-size:12.8000001907349px">ted 'at' lehigh 'dot' edu</span><br style="font-size:12.8000001907349px"><a href="http://coral.ie.lehigh.edu/%7Eted" style="font-size:12.8000001907349px" target="_blank">coral.ie.lehigh.edu/~ted</a><br></div></div></div>
</div></div></div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr">Dr. Ted Ralphs<br>Professor, Lehigh University<br>(610) 628-1280<br>ted 'at' lehigh 'dot' edu<br><a href="http://coral.ie.lehigh.edu/%7Eted" target="_blank">coral.ie.lehigh.edu/~ted</a><br></div></div>
</div></div>